Kisah baru ini mengikuti upaya heroik agensi crypto-zoological Monarch ketika anggotanya berhadapan dengan sekelompok monster seukuran dewa, termasuk Godzilla yang perkasa, yang bertabrakan dengan Mothra, Rodan, dan musuh bebuyutannya, Raja berkepala tiga. Ghidorah. Ketika super-spesies purba ini – yang dianggap sebagai mitos belaka – bangkit kembali, mereka semua bersaing untuk supremasi, membuat keberadaan manusia sangat tergantung dalam keseimbangan.
